de.mpg.escidoc.pubman.appbase.FacesBean

Post

 
 Vis
  Genetiske ressourcer i vandmelon: baseret på SSR-analyser
Item is

Ophav

 Ophav:
Jacobsen, Henrik Grimnitz1, Forfatter
Andersen, Sven Bode1, Vejleder
Tilknytninger:
1Det Biovidenskabelige Fakultet, København, Danmark
skjul Ophav
Vis Ophav

Indhold

Ukontrollerede emneord: -
 Abstract: As part of the project Genetic Resources and Agricultural potential of Indigenous Cucurbits in Namibia funded by DANIDA (Ministry of Foreign Affairs of Denmark) plant material of four types of water melon (Citrullus lanatus (Thunb) Matsum & Nakai): wild accessions, land races, cooking types and commercial varieties was collected in the 1990’ies. In addition DNA was extracted from the three kinds of watermelon. The wild accessions and the land races were seed material from National Plant Genetic Resources Centre (NPGRC), Windhoek. The commercial varieties came from seed producers.In the present project I have tried to describe the genetic relations and variation in the plant material using microsatellite analyses. In order to identify possible microsatellite primers suitable for the investigation I reviewed the literature available at the time. From the literature available at the time I identified 16 microsatellite primer sets which I wished to use in my experiments as other investigators had shown they could be used in either watermelons or in other cucurbits. My experiments showed that nine of the microsatellite primer sets could be used in Citrullus. My investigation is based on 64 accessions of individual seed plants originating from seeds from 17 different accessions of watermelon which represent wild types, cooking types, land races and commercial varieties. Some of the microsatellite primer sets showed to be suitable for genetic analyses in watermelon as it was possible to separate a group consisting of land races and commercial varieties from another group consisting of cooking melons and wild accessions. From the analyses I have produced a dendrogram of the genetic relation among the 64 accessions investigated in this experiment.By conducting a cluster analysis, it has been possible for me to identify and distinguish between two main groups of watermelon in the material that was investigated in this experiment. One main group consisted of wild types, and cooking types. The other main group consisted of land races and commercial varieties. The diversity in these two main groups was calculated to be 0,35 and 0,27 respectively. These two estimates are compared to a t-test which shows that the diversity between the main groups is not statistically significant. The genetic distribution of accessions in the plant material that was investigated confirms a morphological classification and description of a similar plant material carried out by Maggs-Kölling et al. (2000). Three primer sets, C.l.1-06, C.1.1-20 and C.l.2-61 turned out to perform particularly well in discriminating between the to main groups.
 Abstract: I forbindelse med et Danida-støttet projekt Genetic Resources and Agricultural Potential of Indigenous Cucurbits in Namibia er der i sidste halvdel af 1990’erne indsamlet materiale og oprenset DNA fra fire typer af vandmelon (Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum & Nakai): vildvoksende accessioner, landracer, cooking typer og kommercielle sorter. Vildvoksende accessioner og landracer og cooking typer er frømateriale fra National Plant Genetic Resources Centre (NPGRC), Windhoek, de kommercielle sorter stammer fra frøproducenter.I nærværende projekt er det forsøgt ved hjælp af mikrosatellitanalyser at beskrive slægtskabsforholdene og variationen i det indsamlede materiale. Indledningsvis blev der i projektet foretaget en undersøgelse af, om der i litteraturen var beskrevet mikrosatellit-primere, der kunne bruges til analyserne. Med udgangspunkt i litteraturen blev der udvalgt i alt 16 mikrosatellit primer par, der var beskrevet til at kunne bruges i cucurbitaceer. Af disse primer par viste mine forsøg, at de 9 kunne bruges i Citrullus. Undersøgelsen er baseret på 64 accessioner af individuelle frøplanter stammende fra frø fra 17 forskellige accessioner af vandmelon som til sammen repræsenterer: vilde typer, cooking typer, landracer og kommercielle sorter. Ved hjælp af nogle af de anvendte mikrosatelliter har det været muligt at identificere slægtskabsforhold i det undersøgte materiale. Ud fra analyserne er der fremstillet et dendrogram over de 64 accessioners indbyrdes slægtskabsforhold.Resultaterne viser, at det ved hjælp af clusteranalyse er muligt at skelne en hovedgruppe af vilde typer og cooking typer fra en hovedgruppe af landracer og kommercielle sorter i det plantemateriale, der lå til grund for undersøgelsen. Diversiteten i de to hovedgrupper blev beregnet til henholdsvis 0,35 og 0,27. Disse to estimater er sammenlignet med en t-test, som viser, at diversiteten ikke er statistisk signifikant forskellig. Fordelingen af accessioner i det undersøgte materiale bekræfter en undersøgelse baseret på morfologiske karakterer foretaget af Maggs et al (2000).Af de 9 primer par, som viste sig at være anvendelige i det undersøgte plantemateriale, var mikrosatelliterne C.l.1-06, C.1.1-20 og C.l.2-61 særligt gode til at diskriminere mellem de to ovennævnte hovedgrupper.
skjul Indhold
Vis Indhold

Filer

Bemærkninger:
-
Tilgængelighed:
Offentlig
Mime-type / størrelse:
application/pdf / 4MB
Copyright dato:
-
Copyright information:
De fulde rettigheder til dette materiale tilhører forfatteren.
skjul Filer
Vis Filer

Basal

Bogmærk denne post: https://diskurs.kb.dk/item/diskurs:31261:1
 Type: Speciale
skjul Basal
Vis Basal

Links

Vis Links

Detaljer

Sprog: Danish - dan
 Datoer: 2011
 Sider: 71 pages
 Publiceringsinfo: København, Danmark : Institut for Jordbrug og Økologi
 Indholdsfortegnelse: -
 Note: Horticulture, Hortonomi
 Type: Speciale
skjul Detaljer
Vis Detaljer

Kilde

Vis Kilde