de.mpg.escidoc.pubman.appbase.FacesBean

Post

 
 Vis
  Anvendelse af real-time PCR til detektion af Streptococcus equi subspecies zooepidemicus og Streptococcus equi subspecies equi i kliniske endometrieprøver fra hopper
Item is

Ophav

 Ophav:
Skive, Bolette1, Forfatter
Bojesen, Anders Miki1, Vejleder
Møller Petersen, Morten1, Vejleder
Tilknytninger:
1Det Biovidenskabelige Fakultet, København, Danmark
skjul Ophav
Vis Ophav

Indhold

Ukontrollerede emneord: -
 Abstract: The aim of this study was to determine if it was possible, by using the Real-Time Polymerase Chain Reaction (Real-Time PCR), to detect Streptococcus equi subspecies zooepidemicus and Streptococcus equi subspecies equi directly from different clinical sample material from mare endometrium without the necessity of bacteriological culturing (BC). Further aims were to determine whether the type of the sample affects the Real-Time PCR result, and to compare Real-Time PCR results with BC on the same samples.The sample material consisted of 53 endometrial swabs, 53 low-volume uterine flushes and 53 endometrial biopsies. The samples were collected parred, which meant that one endometrial swab, one low-volume uterine flush and one endometrial biopsy where obtained form each mare which made comparison of the different types of samples possible. All 159 samples were examined for the presence of Streptococcus equi subspecies zooepidemicus and Streptococcus equi subspecies equi by means of SYBR® Green Real-Time PCR and the species specific primers for the manganese-dependent superoxide dismutase gen A, sodA.The results were 34 % positive swabs, 38 % positive uterine flushes and 15 % positive biopsies. In comparison the results from BC of swabs, uterine flushes and biopsies were 17 %, 28 % and 15 % respectively. P-values of the McNemar analysis were: p (swab) = 0.052; p (uterine flush) = 0.36; p (biopsy) = 0.77. Of the positive samples 42 % had = 2 types of samples which gave the same result. Correlation between Real-Time PCR positive results and BC positive results were low, giving the tests sensitivities between 0.25 – 0.56.By comparing Real-Time PCR results with BC as a “best standard” 44 % of the BC positive swabs were not detected by the Real-Time PCR method. For uterine flushes 47 % of the BC positive were not detected by Real-Time PCR. For endometrial biopsies 75 % were not detected.In conclusion it was possible by SYBR® Green Real-Time PCR and the choosen primers for sodA to detect Streptococcus equi subspecies zooepidemicus and Streptococcus equi subspecies equi with DNA extracted directly from the different clinical sample material without the necessity of BC. There was weak agreement between the different types of samples which indicated that the Real-Time PCR results were affected by the different sampling procedures.The Real-Time PCR increased the number of positive swabs 2-fold compared to BC. The number of positive uterine flushes was increased as well but not as marked. The number of positive biopsies was statistical significantly lower compared to the other types of samples.Bacteriological culture positive samples which are not detected by Real-Time PCR are problematic to the diagnostic value of the method described in this study, and causes should be sought.
 Abstract: Hovedformålet med specialet var at undersøge, om det var muligt med Real-Time Polymerase Chain Reaction (Real-Time PCR) at påvise Streptococcus equi subspecies zooepidemicus og Streptococcus equi subspecies equi direkte fra klinisk prøvemateriale fra hoppers endometrium uden en forudgående bakteriologisk dyrkning (BU). Forkortelse for begge subspecies er fremover Streptococcus equi. Øvrige formål var blandt andre undersøgelse af prøvetypens indvirken på Real-Time PCR resultatet, samt at sammenligne Real-Time PCR resultaterne med BU på de samme prøver. Prøvematerialet bestod af 53 endometriesvaberprøver, 53 lav-volumen uterusskylleprøver og 53 endometriebiopsier. Prøverne var udtaget parrede, dvs. én svaberprøve, én skylleprøve og én biopsi fra hver hoppe, hvilket muliggjorde sammenligning af prøvetyperne. Samtlige 159 prøver blev undersøgt for tilstedeværelse af Streptococcus equi, vha. SYBR® Green Real-Time PCR med brug af et artsspecifikt primersæt for det manganase-afhængige superoxid dismutase A gen, sodA.Resultaterne viste 34 % positive svaberprøver, 38 % positive skylleprøver og 15 % positive biopsier. Til sammenligning var resultaterne for BU 17 % positive svaberprøver, 28 % positive skylleprøver og 15 % positive biopsier. P-værdier for McNemar analyse: p (svaber) = 0,052 og p (skylle) = 0,36 og p (biopsi) = 0,77.Af de positive prøver havde 42 % = 2 prøvetyper der kom frem til det samme resultat. Korrelation mellem Real-Time PCR og BU positive resultater var lav, hvilket gav sensitiviteter på 0,25 - 0,56. Ved sammenligning af Real-Time PCR resultaterne med BU som ”best standard”, blev 44 % af de BU positive svaberprøver ikke påvist ved Real-Time PCR. For skylleprøverne blev 47 % BU positive ikke påvist ved Real-Time PCR. For biopsierne var tallet 75%.På baggrund af dette studie kan det konkluderes, at det var muligt med SYBR® Green Real-Time PCR med det valgte primersæt for sodA, at påvise Streptococcus equi ved direkte DNA ekstraktion fra alle tre prøvetyper uden forudgående BU. Det kan endvidere konkluderes, at der ikke var god overensstemmelse mellem prøvetypernes resultater, hvilket indikerer, at de forskellige prøvetypers indsamlingsprocedurer påvirker Real-Time PCR resultaterne. Det kan konkluderes, at Real-Time PCR øgede andelen af positive svaberprøver 2-foldigt sammenlignet med BU. Andelen af positive skylleprøver blev også øget, men ikke helt så markant. Andelen af positive resultater var statisktisk signifikant laver for biopsier sammenlignet med de øvrige prøvetyper. Det må konkluderes, at BU positive prøver, som ikke bliver Real-Time PCR positive er et problem for metodens diagnostiske anvendelse, og årsagerne bør søges afklaret.
skjul Indhold
Vis Indhold

Filer

Navn:
Speciale_Bolette_med_bilag.pdf (Hovedtekst)
Bemærkninger:
-
Tilgængelighed:
Offentlig
Mime-type / størrelse:
application/pdf / 2MB
Copyright dato:
-
Copyright information:
De fulde rettigheder til dette materiale tilhører forfatteren.
skjul Filer
Vis Filer

Basal

Bogmærk denne post: https://diskurs.kb.dk/item/diskurs:12873:1
 Type: Speciale
skjul Basal
Vis Basal

Links

Vis Links

Detaljer

Sprog: Danish - dan
 Datoer: 2009
 Sider: 101 pages
 Publiceringsinfo: København, Danmark : Institut for Veterinær Sygdomsbiologi
 Indholdsfortegnelse: -
 Note: Veterinary Medicine, Veterinærmedicin
 Type: Speciale
skjul Detaljer
Vis Detaljer

Kilde

Vis Kilde